Európa egyik legfiatalabb állama Jugoszlávia széthullása után, 1991. szeptember 8-án jött létre, miután országos népszavazáson a választók elsöprő többsége az önálló állam megalakítása mellett voksolt.

Az ország egyedüliként a jugoszláv utódállamok közül nem keveredett vitába Belgráddal és határai megegyeznek a jugoszláv tagköztársasági határokkal.

Az elmúlt 25 év alatt Macedónia számos kihívással találta magát szemben. Elsősorban Görögország magatartása okoz komoly fejtörést Szkopjénak, mert Athén elvitatja az ország alkotmányos nevének, a Macedón Köztársaságnak, azaz a Republika Makedonija névnek a használatát arra hivatkozva, hogy Görögország északi tartományának a neve is Makedónia.

Ez a magyarázata annak, hogy késedelmet szenved az ország EU-s tagsága és NATO-csatlakozása is. Az unióval kapcsolatosan Szkopje már 2005-ben elnyerte a tagjelölti státust, de a csatlakozási tárgyalások időpontját, Athén ellenkezése miatt, mind a mai napig nem tűzték ki.

Hasonló a helyzet a NATO-csatlakozással is: a katonai tömörülés 2008-as bukaresti csúcstalálkozóján ugyan leszögezték, hogy Szkopje eleget tett a csatlakozási kritériumoknak, mégsem kapott meghívást a szövetségbe.